Μέσα από σπάνια απολιθώματα, εντυπωσιακές μακέτες και γραφήματα, παρουσιάζονται τα γεωλογικά φαινόμενα και οι διεργασίες που συνδέονται με τη δημιουργία του Απολιθωμένου Δάσους, η γεωλογική ιστορία της λεκάνης του Αιγαίου τα τελευταία 20 εκατομμύρια χρόνια, καθώς και η εξελικτική ιστορία της ηφαιστειακής δραστηριότητας στον ελληνικό χώρο. Τη γραφιστική επιμέλεια ανέλαβαν ο Θ. Βαφιάς και η TETRAGON.

Το Μουσείο αποτελεί δυναμικό μοχλό πολιτιστικής, οικονομικής και κοινωνικής ανάπτυξης της περιοχής, φιλοξενώντας στις εγκαταστάσεις του διεθνή επιστημονικά συνέδρια, περιοδικές εκθέσεις, διαλέξεις, προβολές και λοιπές εκδηλώσεις.