Το Μουσείο στεγάζεται στο ανακαινισμένο κτίριο του πρώην εργοστασίου ηλεκτρισμού της ΔΕΗ, στο παραλιακό μέτωπο της πόλης του Ηρακλείου. Οι εκθεματικές ενότητες του πολυώροφου κτιρίου διαμορφώνονται από ένα σύνολο εκθεσιακών μέσων, αρθρώνοντας σε συνεργασία με τους επιστήμονες και συνεργάτες του πανεπιστημίου και του μουσείου, περιβάλλοντα και ζωντανά μικροπεριβάλλοντα, διοράματα με ταριχευμένα ζώα και πτηνά, οπτικοακουστικές παραγωγές και διαδραστικές εφαρμογές, μηχανικά εκθέματα και προσομοιώσεις του φυσικού περιβάλλοντος, εφαρμογές επαυξημένης και εικονικής πραγματικότητας.

Για το ευρύ κοινό, τους φοιτητές και τους μαθητές, τα περιεχόμενα του μουσείου και τα μουσειοπαιδαγωγικά προγράμματα, αποτελούν μια πολύτιμη συμβολή στη γνώση, ευαισθητοποιώντας παράλληλα σε θέματα φυσικής εξέλιξης και κλιματικής αλλαγής. Οι πλούσιες συλλογές, σε όλα τα είδη της πανίδας και της χλωρίδας της Κρήτης και της ανατολικής Μεσογείου, αποτελούν το πολύτιμο υλικό τεκμηρίωσης και επιστημονικής έρευνας, που αναπτύσσει το μουσείο και αναδεικνύει για το κοινό του.