Το μουσείο στεγάζει ευρήματα, που έφεραν στο φως οι ανασκαφές και οι επιφανειακές έρευνες στην Περιφερειακή Ενότητα Έβρου σε οικιστικά σύνολα και νεκροταφεία: πήλινα αγγεία, γυάλινα αντικείμενα, χάλκινα και αργυρά νομίσματα, γλυπτά και ταφικές στήλες, όπλα, κοσμήματα, ειδώλια, εργαλεία και είδη καθημερινής χρήσης. Σύντομα κείμενα, χάρτες, φωτογραφίες και σχέδια παρέχουν τις απαραίτητες για την περιήγηση του επισκέπτη πληροφορίες, ενώ βιντεοπροβολές και ψηφιακές πολυμεσικές εφαρμογές εμπλουτίζουν τη μουσειακή εμπειρία.

Η μόνιμη έκθεση του μουσείου, ένα άρτιο μουσειολογικό και μουσειογραφικό σύνολο με περισσότερα από 1.000 αντικείμενα, αναπτύσσεται σε τρεις ενότητες: «Η παραλιακή ζώνη του Έβρου», «Από τον Έβρο ως τον Άρδα» και «Οι ταφικοί τύμβοι». Το μουσείο συμπληρώνεται από χώρο περιοδικών εκθέσεων, καφέ, πωλητήριο και σύγχρονα εργαστήρια συντήρησης αρχαιοτήτων.