Η TETRAGON, πέρα από τη συμμετοχή της στον αρχιτεκτονικό σχεδιασμό του κτιρίου, ανέλαβε ταυτόχρονα τη Μουσειογραφική οργάνωση και εκτέλεση του εσωτερικού του. Έτσι το κτίριο και η μόνιμή έκθεσή του μελετήθηκαν ταυτόχρονα. Το έργο διακρίθηκε σε Πανελλήνιο Αρχιτεκτονικό Διαγωνισμό του ΣΑΔΑΣ στο Μουσείο Μπενάκη. Το μουσείο σχεδιάστηκε ως κέντρο μιας περιοχής αναψυχής και οικολογικής ευαισθητοποίησης του κοινού.

Οι εκθεσιακοί χώροι αποτελούνται από διακριτές ενότητες για τα χερσαία, τα υγροτοπικά και τα θαλάσσια οικοσυστήματα, με αίθουσες προβολών και φωτογραφικής τεκμηρίωσης της ανθρωπογενούς δραστηριότητας. Οι γραφισμοί του Μουσείου, που έγιναν με τη συνεργασία της COLIBRI ΕΠΕ απέσπασαν δύο βραβεία στο διαγωνισμό ΕΒΓΕ 2003 (Ελληνικά Βραβεία Γραφιστικής και Εικονογράφησης).