Η μόνιμη έκθεση του Ιστορικού Μουσείου Αλεξανδρούπολης αρθρώνεται μέσα από μια σύγχρονη μουσειολογική και μουσειογραφική προσέγγιση, με τη χρήση φωτογραφικών συνθέσεων και αναπαραστατικού υλικού, με διαδραστικά οπτικοακουστικά μέσα και προβολές, όπως επίσης και με συλλογές τεκμηρίων και κειμηλίων από δωρεές αρχειακού υλικού συλλεκτών, ιδιωτικών και δημόσιων φορέων.